Родился 29 ноября 1769 года в Санкт-Петербурге в семье чиновника дворцовой канцелярии. Рано лишившись родителей, с помощью родственников получил воспитание и образование в лучших петербургских пансионах, был записан по-тогдашнему обычаю, принятому в дворянских семьях, на военную службу сначала сержантом в лейб-гвардии Преображенский, затем в Измайловский полк.
В 1799 году участвует в Итальянском и Швейцарском походах под командованием генерал-фельдмаршала А.В. Суворова. Был отмечен орденом Св. Анны 2-й степени за отличия «при разбитии многочисленного неприятеля при реках Тидоне, Треббии и Нуро», знаком того же ордена, алмазами украшенным, «за оказанную храбрость» в бою при г. Нови, а также орденом Св. Иоанна Иерусалимского. В ноябре того же года произведён в генерал-майоры.
В июле 1811 года назначен инспектором внутренней стражи, занялся организацией и устройством нового войска.
Во время Отечественной войны 1812 года содействовал формированию государственного ополчения и резервных полков, для этой цели были выделены окружные генералы, офицеры и нижние чины внутренней стражи.
Вместе с подчинёнными организовал поставку лошадей в действующую армию. Под его руководством внутренняя стража обеспечивала «тишину и спокойствие» в империи. В связи с созданием в 1816 году Отдельного корпуса внутренней стражи назначается его командиром. В том же году производится в генерал-лейтенанты.
Граф Е.Ф. Комаровский награждён семью отечественными орденами и одним иностранным, бронзовой медалью в память 1812 года.